Analyse et boutique (Affiliation) sur le même domaine

Bonjour,

Nous avons un site communautaire sur le bricolage, avec des articles permettant d'aider à réaliser certains travaux et où les gens peuvent échanger des idées, demander de l'aide dans leur région (important car nous ciblons les entraides par ville ou région), avec messagerie pour qu'ils puissent demander de l'aide et échanger des outils et des services en privé.
Ce site communautaire est dans un répertoire du site : /aide-bricolage/

Sur le même domaine, nous avons une boutique de matériel de bricolage en mode affiliation, qui est en lien dans le footer et qui se trouve dans un autre répertoire: /shop-bricolage/

Nous étions dans les premières pages pour les termes de recherche et les villes ciblées mais entre mars et avril 2018, nous avons perdu la moitié des visiteurs par référencement naturel, sans jamais réussir à remonter. Certaines villes continuent à être bien référencées, d'autres non.
Le site est en https, responsive, avec beaucoup de texte en rapport avec le domaine d'activité.

Depuis la chute et plusieurs essais infructueux, nous en arrivons à remettre en question le fait d'avoir une site communautaire et un shop sur le même domaine et craignons que le shop pénalise le référencement de notre coeur de métier, le site d'aide et communautaire.
Ce qui est plus étonnant, c'est que les pages du shop continuent à être visitées malgré qu'elles proposent pratiquement toujours les mêmes articles (très peu de mises à jour d'articles car domaine ayant peu d'évolution) avec pratiquement que les textes des villes différents. On penserait plus à voir ces pages dégringoler car elles pourraient être considérées comme du duplicate, mais ce sont les autres qui chutent.

Je n'ai malheureusement pas l'autorisation de donner le lien du site mais sur la base des informations fournies, pensez-vous que d'avoir 2 domaines fondamentalement différents dans leur but (communautaire <> shop) puisse être la source du problème ? Nous craignons qu'en supprimant les pages du shop, ça nous fasse encore plus baisser la fréquentation du site et que ça mette tout simplement un terme au business.

Merci pour vos retours et suggestions.