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il faudrait qu'apache te donne des stats par site
puis que mysql te donne des stats par base (et encore si chaque site tourne sur des bases différentes)
Puis ensuite chaque opération d'apache ou mysql génère des taches systèmes des accès disques...
A mon sens impossible ou alors il faut faire une estimation grosse maille
Pour la charge de mysql, il faut activer les logs, en particulier le slow-querry et parser regulierement. Sans etre parfait, ca donnera une indication.
Apres, il ne te reste plus qu'a tirer des conclusions des differents indicateurs et a user de a2ensite/a2dissite.