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Par contre j'ai déjà vu des cas similaires donc voici 2 pistes :
Ton pop-up peu faire fuire les internautes, augmentant ainsi le taux de rebond et donc diminuant la pertinence de ton site pour les outils de recherche
Ce type de script à malheureusement beaucoup été utilisé pour faire du cloaking. Il se peut que ton site ait été sandboxé en attendant une analyse plus approfondie.
Sans avoir accès au site, je ne peux pas pousser mon analyse plus loin.
Mais je te conseille de supprimer le script (si ce n'est pas déjà fait) et attendre un peu voir si tout revient à la normale.