Mettre des url canoniques dans une usine à sites déjà bien indexée ?

Bonjour,
Je gère le SEO d'une usine à sites d'ecommerce. Nous avons une BDD "produits" commune (plus de 100 000 entrées) qui génère une fiche "produit" identique sur chacun des sites (à la fois sur le site générique de présentation des produits et sur les mini-sites issus de l'usine, associés à des revendeurs). Le site principal et les mini-sites ont le même nom de domaine et se distinguent par un sous-dossier spécifique. La seule différence pour Google, concernant ces pages "produit", réside donc dans l'url, distincte par site (du fait des sous-dossiers). Autrement dit, nous avons beaucoup de contenu dupliqué...

Ma question est la suivante : est-ce qu'il est toujours pertinent, alors que les sites (le site principal + les mini-sites) sont depuis longtemps indexés, de mettre en place un système d'url canonique qui viserait en recentrer toute la notoriété des urls "produits" vers les pages "produit" du site principal (url "produit" mini-site -> canonical -> url "produit" site principal) ? Cela va-t-il réellement améliorer la visibilité des pages du site principal, faire "plaisir" à Google ou au contraire, ne va-t-on pas tout simplement perdre du trafic ? Autrement dit, est-ce que le mieux n'est pas l'ennemi du bien dans mon cas ?

A noter que les pages d'entrée "produit" issues des mini-sites représentent 10% du total des pages d'entrée, à partir d'un moteur de recherche. Le site générique, pour ces même pages "produit", représente 7% du total de ces pages. A l'issue, la conversion est de 2%, que les visiteurs entrent par ces pages sur les mini-sites ou sur le site générique.

Par avance, merci de votre aide.