Pingouin - 1.000.000 de liens

Bonjour,
Nous avons été pénalisés par Pinguoin depuis mai 2013

Notre site ( celui du profil ) comporte plus de 2 millions des page et fonctionne surtout sur la long train.
Depuis 2007, nous avions créé plus de 70 annuaires faisant plus de 4 millions de liens sur des pages profondes du site.
Ceci a très bien fonctionné jusqu'en 2013, 2ème mise à jour de pingouin.

Nous avions alors plus d'un million de liens de nos annuaires présent dans gmt.
Nous n'avons pas tout de suite pris conscience des dégâts et n'avons supprimé que la moitié des liens.
Nous en avons aussi profité pour passer en https avec toutes les redirections nécessaires et divisé par 4 le temps de chargement.
Lors de la mise à jour d'octobre 2014, il ne s'est bien sur rien passé.

Nous avons fin décembre 2014 supprimé tous nos annuaires, en faisant l'erreur de supprimer les noms de domaines et serveur au lieu de les conserver avec des codes 404 ou 410.

Nous avons eu immédiatement une nouvelle perte de traffic avec cette grosse perte de liens.

Nous nous sommes aussi battu jusqu'à maintenant pour faire disparaître ces liens de Gmt, car google ne crawlais plus du tout ces pages mais conservais en mémoire les liens.
Nous avons passé pratiquement 1 an à demander la suppression des pages par l'outil de suppression google, mais aussi le crawl des pages car la moitié de nos anciens domaines ont été repris ou parqué et les pages ne renvoyais pas d'erreur 404, donc impossible de demander la suppression.

Après donc ce grand nettoyage, nous nous retrouvons avec environ 14.000 backlinks dans gmt, dont seulement 1/3 de liens récents ( il nous reste encore 14.000 liens sitewide d'un blog qui a été supprimé depuis 4 mois mais toujours présent dans gmt )

1) Pensez-vous qu'à ce stade, il vaut mieux attendre la prochaine mise à jour pingouin pour commencer à faire de nouveaux liens ( de qualité cette fois ) ou que l'on peut prendre le risque de démarrer doucement dès maintenant ?

2) Pensez vous que des liens profonds soient toujours bénéfiques et sans danger, sachant que nous avons perdu pratiquement toute notre longue train ?

Avec une mise à jour tous les ans et demie, cela devient très difficile de prendre des décisions...

Malgré cette pénalité, nous avons encore assez ( ou trop ) de visite pour ne pas envisager de refaire un site sur un autre domaine avec des 301, technique préconisée ici ou la ( sans garantie non plus ).

Merci de vos réflexions et de vos conseils.