Sites distincts ou sous domaine

Bonjour,

Le sujet peut sembler avoir déjà été abordé mais il l'est plus souvent sous l'angle sous domaine ou répertoire. De plus les règles d'indexation évoluent et ce qui pouvait être pris en compte il y a quelque temps n'est plus forcément exact aujourd'hui.

Voila donc ma question :
Je dispose de deux sites qui sont tous les deux liés à une même thématique mais pour des aspects différents :
Petites annonces
Annuaire professionnel
Chacun d'eux dispose de son propre nom de domaine et j'ai mis en place des liens entre ceux ci car ils s'adressent à une cible commune liée à une thématique commune.

Or il s'avère que l'un de ces sites dispose d'une plus grande notoriété aujourd'hui (petites annonces).
Pour des raisons techniques j'envisage également de regrouper les deux sites sous le nom de domaine le plus populaire avec des sous domaine : référencement utilisateur unique pour les 2 services.

J'aimerais savoir si l'intégration du site "annuaire" en sous domaine et le passage du site d'accueil "annonces" également en sous domaine aura une incidence sur mon SEO.

Quel serait votre avis ?

Merci.