Vous utilisez un navigateur non à jour ou ancien. Il ne peut pas afficher ce site ou d'autres sites correctement. Vous devez le mettre à jour ou utiliser un navigateur alternatif.
Je pense que cela ne change rien.
Par contre il faut toujours eviter de mettre a href=http://www.monsite.com/index.php sur un lien et sur un autre href=http://www.monsite.com/
prefere href=http://www.monsite.com/ à href=http://www.monsite.com.
Certes celà n'a aucune incidence sur le referencement mais ça evite à ton serveur de devoir faire une redirection en rajoutant le slash que tu as "oublié" de mettre à la fin.
en gros c'est pour optimiser ton serveur pour le faire moins travailler, mais ça ne joue en rien au niveau referencement (puisque ton serveur se charge de faire la redirection).