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Bonjour,
Qu'importe le contenant pourvu qu'on ait l'adresse... Plus sérieusement, je vous conseille de choisir un des 2 formats, le pdf par exemple avec une brève description de celui-ci dans une page classique qui pointe sur le lien. Pas de pénalisation à encourir en tous cas si vous n'abusez pas de la double présentation des données.
D'après quelques tests, le PDF prend le dessus sur votre contenu page HTML. Perso. j'ai enlevé les versions PDF quand c'était possible car elles prenaient la place de ma page HTML.
La solution peut être d'en empêcher l'indexation : noindex sur le dossier contenant les pdf dans un robots.txt. ce qui permet de garder cette fonctionnalité pour l'utilisateur tout en ne créant pas du duplicate interne.