Search console - Liens vers votre site provenant de mes autres domaines

Sachant que si en plus tu as mis en place des hreflang, Google sait très bien qu'il s'agit de déclinaisons linguistiques d'un même site.

 

A la fois très juste et très faux.

La première question n'est pas les 3000 liens mais comment ils sont fait (c'est à toi de répondre):
1. la très grosse majorité vers la page d'accueil
2. pages vers pages équivalentes dans l'autre langue (ce que Google semble préconiser)
3. liens sauvages de pages vers d'autres pages sans rapport (dans ce cas, c'est pas naturel et sanctionnable au minimum, généralement sanctionné).

La deuxième question est la position des liens sur la page qui envoie.
1. si les liens sont vers la page d'entrée du site en Français, en header OK. En footer: à proscrire.
2. si les liens sont de page vers la traduction: pas en navigation mais en fin de contenu.
3. une petite chose quand même, j'ai déjà donné des exemples où mettre un lien d'une page d'un site en début de contenu vers une autre page d'un site lié (ce que j'appelle des sites liés: des sites du même proprio qui se font trop de liens entre-eux): déclasse la page qui reçoit, supprimer le lien fait remonter la page.

Bref la réponse d'Olivier est à pondérer suivant le type et la méthode de faire ces liens.