Multiboutique WooCommerce ou autre configuration ?

Oui et non. Le multisite est une solution technique pour avoir plusieurs sites distincts sur une même installation.
Avec un multisite tu peux avoir autant de sous sites que tu veux, et les afficher sur des noms de domaines différents (avec un plugin de domain mapping) ou sur le même nom de domaine principal, en sous répertoire ou en sous domaine

Effectivement, chacun des sites peut avoir son propre template et ses propres plugins.
Pour la gestion des utilisateurs, elle est faite centralement, mais tu dois affecter tes clients à chaque site si tu veux qu'ils puissent commander partout. (des plugins te permettent de le faire).

Par contre, "un stock / un panier", c'est du multiboutique. WooCommerce ne le fait pas en standard, je crois qu'il y a des extensions pour cela, à vérifier

 

En fait, le multisite woocommerce, c'est simplement un multisite avec le plugin woocommerce activé. Rien de particulier.
Pour le multiboutique, je ne connais pas

En cherchant sur Google tu as
https://woomultistore.com/
et pas mal de plugins sur ThemeForest, qui ne sont pas obligatoirement super hyper bien codés
il faut chercher en anglais avec le mot clé multishop

 

Très peu de feedback sur Woomultistore a part négatifs, et comme les developpeurs ne souhaitent pas communiquer sur leur pugin ultracher, autant le leur laisser et leur souhaiter de bien s'amuser avec !