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cela peut venir de tellement de chose qu'il va être difficile de te répondre en l'état.
Par exemple cela peut venir d'une détection de Duplicate Content, d'erreur 404, du blocage du robot, d'une erreur dans robots.txt, une erreur dans .htaccess, une erreur des serveurs qui héberge ton site internet, etc.
As-tu un exemple d'une page toujours indexé et d'une page qui n'est plus indexé à fournir ici s'il te plait ?